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國立臺灣大學 國家發展研究所 王業立、周嘉辰所指導 邱祖顥的 民主化後的馬祖地方政治生態與地方政治菁英的動員、經營與結盟 （2017），提出馬祖航班動態關鍵因素是什麼，來自於地方政治生態、馬祖、民主化、地方選舉、關係、人際關係網絡主義、政治密友主義。
而第二篇論文國立金門大學 國際暨大陸事務學系碩士班 林政緯所指導 蔡健榮的 小三通後對金門地區國家安全之分析 （2016），提出因為有 金門、小三通、國家安全的重點而找出了 馬祖航班動態的解答。
民主化後的馬祖地方政治生態與地方政治菁英的動員、經營與結盟
為了解決馬祖航班動態 的問題，作者邱祖顥 這樣論述：
國內針對馬祖這個離島的政治學研究相當缺乏，因此本研究首先爬梳相關文獻，以理解馬祖之區域概況與地方政治發展。再以人際關係網絡理論與政治密友主義作為主要理論框架，及深度訪談法，文獻分析法、參與觀察法作為研究方法，從五個主要研究問題出發，勾勒出民主化後（1992-2017）的馬祖地方政治生態之形貌。本研究的主要研究發現有：一、軍管時期的生活、對民進黨的反感、地緣關係、與中國的交流程度使得馬祖人在政黨認同上非常傾向泛藍。二、政黨認同只在全國性選舉上較有影響力，在地方選舉中，政治菁英動員與經營的核心是「關係為主，利益為輔」的形式。三、馬祖較特殊的動員模式有買票、非現住人口動員、換票。因為人情關係網絡的
密度與重疊性高、地小人少，使得這些模式成為可行、影響力更高。四、馬祖地方政治勢力的形成、發展、運作，與傳統的地方派系有所差異。在組織結構上，偏向政治密友主義闡述的方式，且有步向一派獨大的趨勢。五、候選人表現、議題、政見、學歷在選舉中較不重要，非泛藍政黨目前也難在馬祖得到席次，但年輕選民及外來人口數量的成長，也許有機會使這樣的狀態產生轉變。
小三通後對金門地區國家安全之分析
為了解決馬祖航班動態 的問題，作者蔡健榮 這樣論述：
小三通是兩岸經過長年的對峙以來，所開通的第一條航線，也是兩岸第一個貿易、人流、物流往來的重要航線，在開放迄今這16餘年，為兩岸關係發展的重要里程碑，在政策不斷精進及修改的狀況下，也為金門地區的航運業、觀光產業及其周邊產業快速成長，為地區產業發展帶來新的契機，雖2014年臺灣九合一選舉後，我國實施政黨輪替，兩岸關係的發展有所停滯，臺灣本島陸客旅遊人數大幅趨降，然金門地區之整體觀光人數，卻沒有因為兩岸關係的停滯而有所改變，也見證了金廈「小三通」管道的便利性，不因政黨輪替而有所影響。而過去有關小三通的研究，多以兩岸關係、觀光旅遊及金門未來發展等面向去做討論，較少以國家安全方面做研討。故本文嘗試從金
廈小三通2001年開通以來的發展過程，針對人流、物流及防疫等面向，透由國家安全的角度，與實際執行小三通工作人員實施深度訪談，了解小三通工作人員在執行上所面臨人流量不斷提升，相關執勤人力的不足、地區民眾對國家認同感的偏離及中國大陸企圖拉攏情形，透由法規的修改，促進金門地區未來的展望，期望從中釐清金廈小三通管道的困境與挑戰，並建構完善安全管理環境，提供各級政府機關參考。